Deux ans se sont écoulés depuis que Sam Witwicky a sauvé l'univers d'une bataille décisive entre les deux clans rivaux de robots extraterrestres. Malgré ses exploits, Sam reste préoccupé par [...]

Deux ans se sont écoulés depuis que Sam Witwicky a sauvé l'univers d'une bataille décisive entre les deux clans rivaux de robots extraterrestres. Malgré ses exploits, Sam reste préoccupé par les soucis des jeunes gens de son âge : alors qu'il fait son entrée à l'université, il doit se séparer de sa petite amie Mikaela et de ses parents pour la première fois de sa vie.
Entre-temps, la guerre entre les Autobots et les Decepticons a entraîné plusieurs changements. Après la dissolution du Secteur 7, une nouvelle agence, NEST, a été mise en place. Avec l'aide d'officiers connaissant parfaitement le terrain comme Lennox et Epps, NEST a pour mission de collaborer avec les Autobots pour éviter un nouvel affrontement avec les Decepticons. Malheureusement, le conseiller auprès de la Sécurité Nationale, Theodore Galloway, ne cherche qu'à accroître son pouvoir et s'efforce de dissoudre NEST qu'il considère inutile. Il est convaincu que la menace d'une guerre est écartée et que les humains n'ont